バーク型帆装のアメリカ式捕鯨船であり、現存するアメリカ式捕鯨船では最大。
 初代練習船快鷹丸からその用務を引き継ぎ、明治42（1909）年5月30日出帆の第1次航海から昭和4（1929）年8月まで約20年間就航。第36次航海を最後に第3代練習船白鷹丸へ用務を引継ぎ、当時の本校所在地であった越中島岸壁に係留された。
 昭和37（1962）年に喫水線上部の船体が現在の所在地に移設され、昭和45（1970）年には現在の姿に復元され保存されている。

 明治時代前期に日本で実用されていた漁船は、日本形無甲板船(長さ15m、幅3～4m程度の木船)で大きな波に耐える強度がなく、遠方への出漁には不向きだった。
 当時の政府は遠洋漁業の振興、発展を目指し明治30（1897）年「遠洋漁業奨励法」を公布すると同時に、漁船の構造を西洋形の船体及び帆装に改め、乗組員の技能向上を目指した。また、明治38（1905）年に同法を改正して漁業奨励金のほかに「遠洋漁船検査規程」に合格する西洋形漁船の新造に対して漁船奨励金を交付する制度を設けた。
 明治30年勅令第47号により東京海洋大学の前身である水産講習所が開所され、明治 34(1901)年に初代練習船快鷹丸が進水し、実績を挙げていたが、明治40(1907)年9月に台風のため朝鮮半島東岸迎日湾にて難破した。
 この事故により明治40年11月、代船建造予算13万円が決定され、建造されたのが雲鷹丸である。

 建造には捕鯨を含む全ての漁業に関する実習、試験、調査及び海洋観測に加えて漁獲物の船内処理、加工ができることを条件とした。明治時代末期には既に汽船が活躍をしていたが、操船技術の習得、慣海訓練は帆船で行うことを基本としていた時代であったため、補助機関付帆装練習船が採用された。
 設計及び監督には黒田九満男教官を中心に東京帝国大学寺野精一教授及び松田勉三助教授、逓信省海事局城与三郎技師及び永松文一技師、水産講習所岡田少三郎技師及び上枝平五郎助手が参画し、大阪鉄工所〔現在の日立造船(株)〕桜島工場で建造された。船体、機関及び諸設の設計、施工には当時の最新技術を駆使、帆装の設計は世界最高の技術と実績を持っていた英国に発注された。
 学生の教育、実習を目的とする練習船であっても試験操業、海洋調査等多目的の調査研究船としての機能をもち、遠洋航海に耐えることができる大型で頑丈な各種の設備、装置が完備された。これにより雲鷹丸は、当時最高水準の技術をもった練習船として完成した。
 明治41（1908）年5月起工、明治42年2月21日大浦兼武農商務大臣による『雲鷹丸』の命名、松原新之助水産講習所所長の支綱切断による進水を経て、同年5月12日に竣工、品川にて披露された。

 明治42（1909）年5月30日漁撈科12回生が乗船し第1次航海に出港。その後、夏季に北洋、冬季に南洋を巡航し学生の実習、海洋調査、漁具漁法の試験等が実施された。
 雲鷹丸が、実習航海に併せて、日本の遠洋漁業振興のために行った各種の試験操業、漁具漁法の開発改良及び海洋観測等の実績は次の通りである。