海洋科学専攻科は、国際的な視野をもった高度の海上技術者を育成することを目的として、海洋生命科学部・海洋資源環境学部を卒業してから1年間の課程で設置されています。

海洋科学専攻科への進学要件は、海洋生命科学部・海洋資源環境学部に在籍し、本学で決められた科目を履修することです。この他に補充入学制度があり、本学及び他大学水産系学部の卒業生が所定の単位を取得すると入学できます。遠洋航海ではトロール漁業、マグロ延縄漁業、イカ釣漁業実習及び海洋観測実習のほか、国内外の主要な港に寄港し、海洋や水産などの施設を見学したり、現地の関係者と交流し、見聞を広めることもできます。

海洋科学専攻科を修了すると、3級海技士（航海）の筆記試験が免除されます。そして、口述試験と身体検査に合格すれば、海技士の免許が与えられます。